Hierzu wird zunächst ein Zugang zu den Wurzelkanälen geschaffen und alle Wurzelkanäle, zwischen einem und vier pro Zahn, werden gut sichtbar dargestellt, um sie von innen reinigen zu können. Im nächsten Schritt wird durch eine Röntgenaufnahme die Länge der Wurzelkanäle bestimmt, um sie in ihrer ganzen Länge reinigen und desinfizieren zu können. Anschließend werden die Kanäle mit Instrumenten aus einer speziellen Titanlegierung von innen sauber gefeilt. Diese Prozedur wird durch desinfizierende Spülungen unterstützt. Nun, da die Wurzelkanäle desinfiziert und gereinigt sind, muß dafür gesorgt werden, dass der Zahn nicht wieder von Bakterien besiedelt wird, die auch durch die Kanäle in den Knochen unterhalb der Wurzel wandern können, wo sie eine Entzündung auslösen können. Deshalb werden die Wurzelkanäle mit speziellen Wurzelfüllstiften so dicht verschlossen, dass eine Neubesiedelung durch Erreger verhindert wird.

Nach einer Wurzelkanalbehandlung muß die Zahnkrone wieder hergestellt werden, weil diese, wie anfangs erwähnt, oft durch eine tiefe Karies stark beschädigt worden ist. Zu diesem Zweck werden wurzelgefüllte Zähne mit Teilkronen oder Kronen mit zum Teil in den Wurzelkanälen verankerten Stiften versorgt.

Das Zahnmark zieht durch die in den Zahnwurzeln befindlichen Wurzelkanäle in die Markhöhle des Zahnes in der Krone. Er kann sich durch eine tiefe Karies, durch tiefe Zahnfleischtaschen aber auch durch einen Schlag beispielsweise entzünden. Akute Entzündungen gehen oft mit starken Zahnschmerzen einher, wobei chronische Entzündungen häufig unbemerkt bleiben. In beiden Fällen muß aber das im Zahn befindliche, nun nicht mehr funktionstüchtige Gewebe entfernt werden. Die einzige Alternative ist die Entfernung des betroffenen Zahnes, womit natürlich ein Verlust an Kaufähigkeit und auch Lebensqualität verbunden ist.